Muzeu i Kukësit ndodhet në qendër të qytetit të Kukësit, pranë Kullës së Eksodit dhe obeliskut përkujtimor kushtuar pritjes së refugjatëve kosovarë gjatë vitit 1999. Pozicioni i tij qendror e bën lehtësisht të aksesueshëm për vizitorët, si në këmbë ashtu edhe me automjet.
Vendndodhja pranë institucioneve kryesore dhe sheshit qendror të qytetit e kthen muzeun në një nga pikat kryesore orientuese kulturore të Kukësit.
Muzeu është i organizuar në tre pavione: Biodiversiteti, Arkeologjia dhe Etnografia. Ai pasqyron trashëgiminë e krahinave etnografike të Lumës, Malziut dhe Gorës.
Pavioni i Biodiversitetit paraqet pasurinë natyrore të rajonit, duke reflektuar ekosistemet malore dhe ligatinore të Kukësit. Pavioni Arkeologjik dokumenton gjurmët e hershme të banimit dhe zhvillimit historik të territorit, ndërsa pavioni Etnografik sjell në vëmendje traditat, zakonet, veshjet dhe mënyrën e jetesës së tre krahinave etnografike.
